这一战役一直延续到第二天，明军发挥枪炮的威力，使得后金军遭受了重大的损失。皇太极不敢再执拗下去了，只好放弃攻打宁远，再一次返回到锦州，准备再夺锦州。天聪元年（1627年）六月初四，皇太极驻营教场，并亲自督战攻城。一直到傍晚，死伤越来越多。又赶上当时是暑天，大多数将士们因中暑得病，士气和战斗力都被大大削弱了。看到将士们日渐颓废，皇太极终于决定班师回朝。六月初五，后金军开始从锦州撤退，持续了整整一夜。到了第二天黎明，路经小凌河城时，皇太极命令部下把明军已经修好的城墙和工事全部毁掉，然后挥军离开了。
宁锦之战的失利，大大挫伤了皇太极的锐气，他渐渐意识到，在短时间内，他是无法攻克辽西的，但如果不能攻取辽西，就永远进不了山海关，更别提夺取北京了。在攻取辽西受阻之后，皇太极决定改变进攻路线，他的首要目标是扫清前进道路上的障碍——蒙古。在那个时期，蒙古被分成三大部落：漠北蒙古即外蒙古、漠南蒙古即内蒙古、漠西蒙古即厄鲁特蒙古。漠南蒙古位于明朝和后金中间，曾经和明朝签订过一封盟约，盟约的内容是一同抵御后金。皇太极为了能够顺利统一漠南，开始对蒙古各部进行征抚工作。他一方面屡派使者，招诱巴林等部归附后金军；另一方面，他又集中兵力对付漠南蒙古察哈尔部的林丹汗。这位林丹汗算得上是一个大人物，据说他是元太祖成吉思汗的后裔。